Modalités de gestion

Le réseau Natura 2000 en France se base principalement sur une démarche contractuelle pour la mise en œuvre des Docob et la gestion des sites (cf Code de l'environnement articles L. 414.1 à L. 414.7 et R. 414-1 à R. 414-29).

Les élus, agriculteurs, forestiers, chasseurs, pêcheurs, propriétaires terriens, associations, usagers et experts sont associés à la gestion de chaque site, en participant aux comités de pilotage (Copil) locaux.  Le but de cette démarche concertée est que ces partenaires s’approprient les enjeux du dispositif Natura 2000, dans l'optique in fine de maintenir des activités humaines en accord avec la protection des espèces et habitats d'intérêt européen.

En complément, la France a fait le choix d’une gestion contractuelle et volontaire des sites. Chaque ayant droit peut s'investir dans la gestion du site Natura 2000, par la signature de contrats et de chartes Natura 2000.

Cette politique contractuelle et concertée s’applique en parallèle du dispositif réglementaire d’évaluation des incidences Natura 2000, prévu par la directive Habitats faune flore et le code de l’environnement. Ceci assure ainsi que chaque projet nécessite une étude pour identifier les enjeux du site, les impacts potentiels sur la biodiversité, et les solutions pour réduire ces impacts. Cette évaluation est réalisée par le porteur du projet (qui peut s'appuyer sur l'animateur du site). Les services de l'Etat rendent un avis favorable ou non au projet. Au sein de chaque département, liste nationale et locale...

Cette rubrique vous donne accès aux principaux outils contractuels (Contrats Natura 2000, MAEC, Charte, ...).
Ces outils sont régis par des périodes de 6 ans de programmations financières.
Découvrez ici le fonctionnement de la programmation financière européenne pour la période 2014-2020.

Circulaires de gestion des sites Natura 2000 en France

Circulaire de gestion pour les sites majoritairement terrestres

Cette circulaire du 27 avril 2012 encadre la gestion des sites Natura 2000 majoritairement terrestres:  mise en place des COPIL, élaboration des DOCOB, contrats Natura 2000, Charte Natura 2000 (elle regroupe et réactualise les précédentes).

Concernant les contrats, chaque type de mesure est détaillée par une fiche technique (Fiche 3 de la circ. du 27/04/12) avec  :

  • Objectifs de l’action en lien avec les objectifs de conservation des habitats et espèces,
  • Conditions particulières d’éligibilité,
  • Engagements non rémunérés / engagements rémunérés,
  • Points de contrôle,
  • Liste non exhaustive d’habitats et d’espèces prioritairement concernés adaptable par le service instructeur aux configurations locales

Circulaire de gestion pour les sites majoritairement marins

La circulaire du 14/05/12 complète la circulaire du 19/10/2010 relative à la mise en place des comités de pilotage et à l'élaboration et au suivi de la mise en oeuvre des Docob des sites Natura 2000 majoritairement marins. Elle vise à préciser les modalités d'organisation pour la mise en œuvre du réseau Natura 2000 en mer, prenant en compte l’évolution des modalités de gouvernance en mer (...). Elle expose également la contribution du réseau Natura 2000 en mer à l'objectif de la directive-cadre « stratégie pour le milieu marin » (DCSMM) et les modalités d'articulation entre les directives « habitats- faune- flore », « oiseaux » (DHFF et DO) et la DCSMM.

Document d'objectif

La gestion d'un site Natura 2000 repose sur un document de gestion, appelé Document d'Objectif, ou Docob. La première étape est de le rédiger, en concertation avec les partenaires socio-économiques du site. Une structure peut porter cette mission d'élaboration de Docob, devenant ainsi la structure opératrice.

Un guide d'élaboration, validé par le ministère en charge de l'écologie, est à votre disposition ci-dessous, et est composé des volets suivants :

  • Dialogue pour Natura 2000 : concertation, communication et animation ;
  • Rapport de présentation : diagnostics écologique et socio-économique ;
  • Objectifs de développement durable ;
  • Mesures de gestion : contrats, chartes, mesures agro-environnementales territorialisées et cahiers des charges... ;
  • Suivi et évaluation de la mise en œuvre du Docob.

Plus d'infos sur le Guide d'élaboration des Docob

Une fois le Docob approuvé, une structure peut porter sa mise en oeuvre, devenant ainsi la structure animatrice du Docob.


Si le Docob en cours est devenu obsolète et que les objectifs ne sont plus adaptés au site (non atteints ou non susceptibles de l'être), une révision du Docob est alors à réaliser (sous décision de l'autorité administrative).
Pour cela, il faudra relancer la concertation avec les acteurs pour rédiger un nouveau Docob, mais aussi les diagnostics écologique et socio-économique etc.
Si le Docob en cours est toujours adapté, mais avec des modifications/ précisions plus légères à apporter (en fonction des évolutions techniques, juridiques et financières de Natura 2000), une mise à jour du Docob suffit.


Contrat Natura 2000


Le Contrat Natura 2000 comporte un ensemble d’engagements conformes aux orientations définies par le Docob sur la conservation ou la restauration des habitats naturels et/ou des espèces qui ont justifié la désignation du site Natura 2000. Ces actions peuvent donner droit à une contrepartie financière (fonds européens et nationaux).
Il existe 3 types de contrats :

  • les contrats Natura 2000 forestiers
  • les contrats Natura 2000 non agricoles non forestiers
  • les contrats marins

Co-financés par des fonds européens et les crédits de l'Etat (MTES), ils permettent de réaliser des mesures variées et à but non productif sur tous les types de milieux en lien avec les acteurs des territoires. 
Les contrats sont souscrits pour 5 ans durant lesquels le contractant devra suivre le cahier des charges fixé.

Contrat agricole


Une Mesure Agro-Environnementale et Climatique (MAEC) est un contrat agricole qui vise à favoriser la mise en œuvre de pratiques agricoles favorables à l’environnement par un exploitant volontaire.
Les MAEC constituent l'outil le plus approprié pour mettre en œuvre les mesures de gestion des Docob sur les parcelles agricoles. Confinancés par le FEADER et les crédits de l'État (MAA), ils répondent à une logique de financement des surcoûts liés à la mise en œuvre de Natura 2000, dans un contexte productif.

Les MAEC sont souscrites pour 5 ans durant lesquels le contractant devra suivre le cahier des charges fixé. Une même exploitation agricole peut souscrire à plusieurs engagements agro-environnementaux sur des surfaces différentes.
Il s’agit d’engagements ciblés sur l’exploitation ou la parcelle en contrepartie d’une rémunération annuelle correspondant aux coûts supplémentaires et/ou aux manques à gagner liés à la mise en place de la MAEC. Les MAEC sont définies en combinant des engagements variés portant sur la conversion à l’agriculture biologique, la limitation de la fertilisation, l’irrigation, l’entretien des haies, la protection de milieux remarquables (vergers, lavandes), le maintien de l’ouverture de milieux et le retard de fauche des prairies, etc.

Vous trouverez une Instruction technique présentant les dispositions transversales relatives aux régimes d'aides liées aux MAEC ainsi qu'aux aides en faveur de l'agriculture biologique, éditée par le MAA (02/08/2017).

Charte Natura 2000

La Charte Natura 2000, établie pour chaque site, contient des engagements de gestion courante et durable des territoires et espaces et renvoie à des pratiques sportives ou de loisirs respectueuses des habitats naturels et des espèces d’intérêt communautaire.
Elle permet à chaque usager, élu ou propriétaire de s’engager, sur la base du volontariat, dans la conservation du patrimoine naturel de sa région en adhérant aux objectifs de préservation du site et en favorisant les bonnes pratiques écologiques.
Il existe différents types d'engagements :

  • généraux (pour l'ensemble du site)
  • par type de milieux (permettant, en contre-partie de l'engagement du signataire, une exonération de la Taxe foncière sur le non-bâti (TFNB), voir code des impôts) ;
  • par type d'activité (permettant, en contre-partie de l'engagement du signataire, d'être dispensé d'évaluations d'incidences).

Chaque charte peut également prévoir des recommandations générales.

Les engagements spécifiques à une activité sont destinés à dispenser les signataires d’évaluation d'incidences Natura 2000. Ces engagements définissent, par type d’activité (gestion forestière par exemple), les conditions dans lesquelles l’activité ou le projet habituellement soumis à évaluation des incidences Natura 2000 ne porteront pas atteinte de manière significative aux sites Natura 2000. Cette exonération ne dispense cependant pas des formalités administratives auxquelles le projet est soumis (demande d’autorisation, dépôt de déclaration).

Formulaire Standard de données

Le Formulaire Standard de Données (FSD) constitue la "fiche d'identité" d'un site Natura 2000.
En effet, ce document présente les caractéristiques du site, avec notamment une carte de localisation et une présentation générale. Nous y trouvons aussi la liste des espèces végétales et animales du site pour lesquelles le périmètre a été choisi, et qu'il est nécessaire de sauvegarder en priorité.
Ce document est évolutif et sa mise à jour est proposée en vues d'éléments nouveaux, comme à la suite d'inventaires écologiques.

Bilans d'activité :

Trame de bilan annuel d'activité

L'animation des Docob recouvre diverses actions réalisées par l'animateur du site Natura 2000 et ses partenaires. Afin de faciliter la production de bilans annuels par les chargés de mission Natura 2000, l'AFB propose cette trame, utilisable librement par toute structure animatrice en France.
A noter : cette trame peut également servir d'appui pour une révision ou une mise à jour d'un Docob.

Téléchargez :

    le mode d'emploi de la trame de bilan annuel et l'annexe "indicateurs de suivi"
    la trame de bilan annuel vierge (format OpenOffice Writer)