Sous l'impulsion d'une enquête générale sur l'efficacité des directives nature et l'objectif stratégique de l'UE dans le cadre de la Stratégie de biodiversité jusqu'en 2020, la Commission européenne a lancé un projet de recherche (en 2015) pour évaluer la contribution de Natura 2000 à la conservation des espèces non inscrites en annexes des directives nature.
En utilisant de grands jeux de données contenant des informations de distribution sur les mammifères, les oiseaux, les reptiles, les amphibiens, les papillons et les plantes dans l'Union européenne, les chercheurs de WER (Alterra) ont mené une équipe internationale (Italie, Pays-Bas et Royaume-Uni) pour démontrer l'importance cruciale du réseau pour tous les groupes d'espèces étudiés, en particulier pour les oiseaux, les papillons et les plantes. C'est l'effet dit "parapluie" de Natura 2000.
Environ 35% à 40% des populations d'espèces menacées étudiées se sont présentes dans les zones Natura 2000. Bien que cela puisse paraître modeste, le fait que seulement 18% de la superficie de l'Union européenne soit désignée comme zone Natura 2000 renforce l'importance de ces résultats.
En conclusion, le réseau Natura 2000 revêt une importance majeure pour la protection de la biodiversité. Non seulement pour les espèces couvertes par les directives "Oiseaux" et "Habitats" pour lesquels les zones ont été désignées, mais également pour de nombreuses autres espèces de flore et de faune européennes menacées et non menacées.