Les Grands prix Natura 2000 - édition 2012 ont été portés par le Ministère de la Transition écologique.
Les Lauréats 2012 étaient :
Catégorie "Action visant au bon état de conservation"
Restauration hydraulique des tourbières des Levresses et Sarre à Cordier, action portée par la Communauté de communes Frasne Drugeon
Un engagement du monde de la chasse pour Natura 2000 : une première dans les Alpes-Maritimes, action coordonnée par la Communauté d'Agglomération Sofia Antipolis
Catégorie "Cohérence des politiques publiques"
Démarches partenariales et convergentes de la plaine du Forez, action portée par le Conseil général de la Loire
Schéma d'intervention foncière, action portée par le SIEL
Catégorie "Innovation et suivi scientifique et méthodologique"
Définition d'une stratégie de conservation du Grand Tétras, coordonné par le PNR Ballons des Vosges
Structure et dynamique de population de la Moule perlière, action portée par le PNR de Millevaches en Limousin
Catégorie "Communication/sensibilisation/animation"
En Champeigne, l'union fait la force !, action pilotée par la Chambre d'agriculture d'Indre et Loire
Une charte de bonnes pratiques avec les acteurs du tourisme, action portée par Pays Midi-Quercy
Catégorie "Services de l'Etat"
Film documentaire "Natura 2000 en Basse Normandie : quand biodiversité rime avec gestion partagée" , réalisé par la Dreal Basse-Normandie
Catégorie "Prix spécial du jury"
Préservation et restauration du site d'échouement TK BREMEN, action portée par le Syndicat mixte Grand site Gâvres Quiberon